Das Burkhart-Gymnasium Mallersdorf-Pfaffenberg verdankt seinen Namen dem ersten Abt des Benediktinerklosters Mallersdorf, Burkhart von Wildenfels, der das Kloster von 1109 bis 1122 leitete.

Die Gründer des Gymnasiums im Jahre 1973 erhofften sich einen Kristallisationspunkt im westlichen Niederbayern. Die durchaus positive Entwicklung der Schule hat diese Hoffnungen erfüllt. Um den steigenden Schülerzahlen (ca. 980 im Schuljahr 2001/2002) gerecht zu werden, wurde das Gebäude in den Jahren 1996, 1998 und 2001 erweitert. Jetzt verfügt das Burkhart-Gymnasium über gut ausgestattete Fachräume in den Fachschaften Chemie, Physik, Kunst, Biologie und Musik sowie eine neue, helle Aula mit genügend Raum für Konzerte, Theateraufführungen, Schulfeiern, Schulgottesdienste und andere Veranstaltungen. Seit 1991 besitzt das Burkhart-Gymnasium eine Sternwarte.

Der Einzugsbereich des Burkhart-Gymnasiums umfasst den alten Landkreis Mallersdorf und den westlichen Teil des ehemaligen Landkreises Rottenburg.